Spíše jsem to rychle projel, ale IMHO je to jinak:
V první řadě útočník napadl server a upravil kód, který tu běží. To je ten zásadní problém.
Druhá věc je, jak obfuskoval svoji aktivitu. Udělal JS, který stahuje favicon z jiného serveru, a z něj extrahuje data, která hodí do eval. Toto není chyba, ale záměr útočníka. Bude tak těžší najít ten skript. Místo metadat ve favicon se klidně dál stáhnout přímo skript (nápadnější), txt (stále nápadné), použít least significant bits v obrázku (o něco pracnější). Nebo by sloy použít třeba i zvuk. Nebo slova liché/sudé délky v nějakém textu. Nebo... Možností je spousta...