Jistě, na Linux je mnoho možností jak zajistit šifrování diskového oddílu. Celkem rozumně jde šifrovat i root oddíl (což je např. na Windows velký problém.)
Jak jsem psal přímo ve zprávičce -- výhoda TrueCryptu z hlediska operačního systému GNU/Linux je především v tom, že umožňuje snadné sdílení šifrovaných dat s Windows. (A z pohledu Windows samotná existence TrueCryptu, protože na Windows myslím žádné jiné open-source řešení on-the-fly kryptografie neexistuje. A TrueCrypt je opravdu velmi povedený kus software.)