V Linuxu je se ZFS problém - kvůli nekompatibilním licencím není možné do něj portovat originální kód ze Solarisu. Takže existuje málo výkonná implementace do FUSE a pak nějaká nová nadějná implementace firmy KQ Infotech, která je sice ke stažení a prý i nějak funguje (snad o tom budeme mít článek), ale zatím je to označené jako beta a nedoporučuje se to nasazovat na produkčních strojích. Proto ZFS je v Debianu podporováno jen ve FreeBSD, kde je implementace ze Solarisu.