NetBeans 5.5 staví na úspěchu verze 5.0 a přináší podporu pro Java EE 5 a Sun Java System Application Server PE 9. NetBeans 5.5 generuje JAX-WS 2.0 výstup pro projekty Java SE 6 a Java EE 5. K dispozici je také nová podpora Subversion a updatovaný modul GUI builderu. Kromě 5.5 byla vydána také Preview verze NetBeans 6.