Kucí já teda nevím, ale někdy kolem 2001 jsem provozoval Windows 98 s 80GB Caviarem, kde byla jedna velká FAT32 partišna. To jediné omezení, které reálně bylo, byla max 4GB velikost souboru ... což ve VirtualDubu efektivně řešilo segmentový grabování. Takže nějak nevím, o jaký 32GB limit jde.
Omezení bylo dodatečné a kvůli tomu, aby na disky (později flashky) větší než 32GB bylo nutné používat licencovaný NTFS nebo exFAT. Microsoft chtěl vybírat poplatky od dodavatelů různých zařízení (kopírky, televize, Linux, později Android atd).
A nebude to spíš tím, že NT řada původně nepodporovala FAT32 vůbec, a to ani pro čtení? Teprve ve Windows 2000 přidali podporu FAT32. Do té doby umělo NT jen NTFS a FAT16 (a do verze 3.51 ještě HPFS). Pak to tam nějak naprasili, ale nikdy to nefungovalo úplně korektně.