Je to jen doporučení. Nic Vám nebrání mít jen jeden Wineprefix, a tím emulovat klasickou instalaci Windows (všechny aplikace v jednom systému). My staří to tak děláme dodnes, protože pamatujeme doby, kdy wineprefixy nebyly :-)
My stari to tak delame, protoze vime, ze Wine ~= Windows a instalace programu do jednoho muze negativne ovlivnit ty dalsi co tam uz jsou. Nemluve o tom, ze to umoznuje mit zvlast nastaveni Wine pro ty programy co to vyzaduji (typicky hry)