Asi jsem úplně nepochopil váš problém.
DocBook je formát postavený nad XML, takže můžete použít libovolné kódování, stačí jej uvést v XML deklaraci. Např.:
<?xml version="1.0" encoding="iso-8859-2"?>
Pro zpracování docbookových dokumentů nepotřebujete Omegu. JadeTeX a PassiveTeX, které se mohou používat během sazby XML dokumentů implementují podporu Unicode nad klasickým 8bitovým TeXem. Jejich práce nezávisí na kódování vstupních XML souborů, protože ty se nejprve stejně zpracovávají pomocí procesoru DSSSL nebo XSL.