Zkoušel jsem pár instalací pod MS. Pokud chcete s LaTeXem pracovat opravdu seriózně, tak si od někoho sežente CD TeXLive 5, na kterém je perfektní distribuce pro Windows -- fpTeX --http://www.fptex.org/. Jedná se o port teTeXu do Windows. Používam obě distribuce a jsou opravdu shodné a navíc "umí" perfektně česky.
Minitex a emtex fungují bezchybně, asi jste špatně editoval dávky. Emtex je také výborná distribuce, dlouho jsem ji používal a byl jsem nadmíru spokojen. Problém však je v její zastaralosti -- např. "neumí" výstupy do pdf. Navíc jej nespustíte pod NT/2000.
Hlavně nepoužívejte MikTeX -- http://www.miktex.org/-- za ty nervy při rozchození češtiny to nestojí :-))
