PlantUML používá Graphviz jako svůj backend (PlantUML je sémanticky o jednu úroveň výš).
Máte samozřejmě pravdu, že pro programové generování některých typů grafů může být Graphviz lepší (typicky když se nejedná o UML-like diagram). Zmíním se o něm někdy příště - díky moc za upozornění.