Názory k článku Programovací jazyk R, Jupyter notebook a Jupytext

Super návod. Jen mi tu chybí zmínka o JupyterLab, které vnímám jako novějšího nástupce Notebooku. Notebook už vůbec nepoužívám, Lab ho úplně nahradil.

Díky za upozornění. O JupyterLabu chystám úplně samostatný článek, ale ještě ho musím víc prozkoumat. Je to skutečně velký posun oproti IPython notebooku/Jupyter Notebooku.

jj to je, ale to je asi pro trošku jiný use case. Já většinou potřebuju ukázat něco ve stylu "tady jsou vstupní data", "takto je transformuji/ex­trahuju", "tady je z toho nějakej výsledek, ideálně ve formě grafu". Pro to se kombinace Jupyter Notebook + Pandas nebo + R docela hodí.

(i když osobně by se mi líbilo mít vše v org-mode, včetně napojení na JIRU :-)

jupytext je koncepcne org-mode babel podobny, ale postaveny na markdown syntaxi, je oproti org-mode jednodussi, coz usnadnuje podporu napric editory. Org-mode ma mozna zbytecne moc featur, coz komplikuje vznik alternativnich implementaci.

Mezi významnými R IDE bych zmínil ještě RKWard, který je vyvíjený v rámci KDE, používá jeho součásti a pro nás pracující v KDE (Kate, Konzole/Yakuake, ...) je to příjemně zaintegrovaná věc. Rstudiu je to dost podobné. Přijde mi, že to má lepší prohlížeč složitějších objektů (S3 a S4).

Zajímavá možnost pro české akademiky může být OnDemand na serverech MetaCentra, kde je k dispozici přes prohlížeč mj. RStudio nebo Jupyter Notebook.

Jinak openSUSE je sice taky RPM distribuce, ale dnf v základu není (v repozitářích ano), ale hlavně se ten balíček jmenuje jupyter-notebook, takže sudo zypper in jupyter-notebook. :-) Abych v R zkompiloval IRkernel, tak jsem musel doinstalovat python38-pyzmq a python38-pyzmq-devel, ale ani pak jsem do Jupyter Notebooku nedostal podporu R. :-( Zkoušel jsem doinstalovat jupyter-jupyter_contrib_co­re, což nepomohlo a jinak mě nic z nabídky nenapadá... Nezdá se, že bych měl udělat něco víc, než tohle všechno nainstalovat. Někdy to budu muset prozkoumat.

Z praxe by mě zajímalo, jaké jsou limity/možnosti toho Jupytera? Co všechno tam (ne)funguje?

Tak v R je nutné ještě spustit IRkernel::insta­llspec(), pak v Jupyter Notebook/Lab už R funguje.

Uživatelé MetaCentra mohli v nedávné době zaznamenat pár příjemných novinek:

• OnDemand, kde lze pustit RStudio, MATLAB, VMD Jupyter Notebook a pracovní plochu, časem možná přibude něco dalšího. Lze si říct o různý počet CPU a velikost paměti.
• Jupyter Notebook, kde lze pustit klasický notebook s podporu Pythonu a BASHe, další jádra si lze přidat ručně. Lze si vybrat různé zdroje (počet CPU, ...), úložiště a tak.
• JupyterHub běžící na Kubernetes, kde lze spustit Jupyter Lab, kde jsou různé předpřipravené varianty (R, Julia, Python, ...) a lze si spustit vlastní kontejner, třeba jupyter/r-notebook:latest.