Velmi dobrá otázka. Skutečně to funguje s libovolným rozložením klávesnice. Zjevně si to hlídá scan kódy a ne znaky, které klávesy produkují. Chová se to korektně.
Zkontroluj si .i3/config. Já tam totiž vidím acaron, scaron, iacute a podobné. Tj konfigurák počítá s českými znaky. Asi si to ošahalo klávesnici při jeho generování. Teď jsem ale na gnome, takže nemůžu zkusit jestli to bude pořád fungovat i po setxkbmap us.
