Co máte na mysli těmi "celými štruktúrami systémových volaní"? Syscall se provádí na x86 odlišně. Datové struktury v kódu psaném v C budou těžko stejné, jako v kódy psaném v ASM. Windows také používají jiné datové typy (například wchar, protože jsou od úrovně kernelu unicodové). "Morfovací" sada subsystémů, díky kterému NT implementovaly API Win32, OS/2, POSIX a DOS/Win16, je také specifický pro NT. Takže zkuste být konkrétní. Nebo chcete jen šířit FUD?
O soudním sporu mezi MS a Digitalem nevím. Ale velké firmy se soudí snad každá s každou. Máte k danámu případu nějaké další informace?