Odpověď na názor

GNOME používám také. Neříkám, že je všechno skvělé, ale spousta věcí může být trochu subjektivní a daná zvykem, případně očekáváním funkcionality podle toho z jakého jiného systému přecházíte.
Jen pár poznámek.

- otevření souboru s archivem
Co vím, tak Nautilus nemá žádný svůj nativní způsob procházení archivů, takže si spustí asociovanou aplikaci. Ve výchozím stavu je to extraktor do nové složky, ale může to být cokoliv jiného (File Roller, PeaZip..).
Ten výchozí extraktor pak asi vychází z toho, co většina lidí rovnou chce udělat, pokud si stáhnou nějaký menší archiv. Identické chování je pak třeba na macOSu.
Samozřejmě není problém tohle přenastavit a asociovat to s jinou aplikací, co si člověk přidá do systému.
Další možností je pak použít GVFS backend pro archivy, kdy se v GNOME připojí jako samostatný disk a je vidět v Nautilu i s klasickým eject tlačítkem pro odpojení.
Což se spouští takhle (umístění se může lišit podle distribuce):
/usr/libexec/gvfs/gvf­sd-archive file=/cesta/k/ar­chive.zip
Teoreticky, když si uděláte např. Nautilus skript nebo nějaký XDG .desktop file s odpovídajícími MIME typy, tak by to mělo jít připojovat rovnou z Nautilu.

- více oken pro nastavení
To je do jisté míry dané tím, že třeba u původních ovládacích panelů ve Windows byl každý panel fakticky dyn. knihovna, kterou si natahoval proces control.exe a následně se fakticky chovala jako samostatná aplikace včetně svého okna a pak přímo přes Win32 API si sama přistupovala k dalším věcem (aplikace, služby, registry, konf. soubory). Zároveň to bylo zcela otevřené třetím stranám.
U GNOME jde o jednu aplikaci, která je v podstatě systémové GUI ke gconf, D-Busu.
Z hlediska jediného společného okna je to pak i na MacOSu a novém panelu ve Windows, mobilních platforem atd.
Chápu i případné výhody toho prvního systému, ale popravdě to používám v provozu tak zřídka, že mi to je vcelku jedno a dokážu pochopit i argument, že je to pro běžné uživatele jednodušší na ovládání.

- přepínání aplikací a oken
Tam jde zas o nějakou výchozí filozofii toho ovládání přepínače.
Např. u Windows ta zkratka přepíná mezi všemi otevřenými okny aplikací.
A na Macu a GNOME jsou to dvě různé věci. Alt+Tab přepíná mezi různými aplikacemi a Alt+` (backtick, nebo odp. znak na neanglické klávesnici) pak přepíná mezi okny jednotlivé aplikace (třeba více oken s terminály). Je to o zvyku, osobně mi spíš vyhovuje druhý přístup, protože omylem při přepínání nepřejedu do druhé aplikace, pokud nechci.