To asi tak trochu kecáte. Windows Explorer (a obecně Windows API) totiž při kopírování nejprve alokuje soubor cílové velikosti, a pak teprve do něj zapisuje.
Ostatně jsem to právě zkusil. Jeden soubor 2.7GB, druhý 1.4GB, oba kopírovány najednou. Výsledek? Oba jsou bez fragmentace, "měřeno" pomocí contig -a.