Odpověď na názor

Obecné výhody:
- Unifikovaný způsob instalace, odebírání a aktualizace aplikací mimo interní balíčkovací systém dané distribuce.
- Možnost instalace pro jednoho konkrétního uživatele nebo pro všechny do celého systému (správa autorizovaná přes polkit).
- Předdefinovaná adresářová struktura
- Sandboxing a správa přístupů na úrovni daného flatpaku.
- Automatické přidání správných spouštěčů (ikonek se správnými mime-typy pro otevírání souborů) do desktopových prostředí.
- Dobrá spolupráce s neměnnými (immutable) distribucemi

Jestli vám to sedne pro vaše použití WinBoxu, netuším. Určitě si to můžete pořešit celé sám. Rozbalit do umístění, kam chcete. Vytvořit spouštěč. A jestliže bude umístění zapisovatelné pro užvatele, co WinBox spouští, tak se může i sám aktualizovat.
Osobně, pokud bych měl Flatpak už v systému rozchozený, použil bych ten balíček z FlatHubu. V případě, že by to měla být jediná takováhle věc, udělal bych to ručně.

Je to podobné jako s Brew na macOSu (akorát Flatpak je v mnoha ohledech lepší). Taky spousty aplikací můžete instalovat a aktualizovat buď jednotlivě, nebo přes Brew (jako tzv. casky), což mnoho věcí zjednoduší. Analogicky pak třeba WinGet na Windows.